一艘巨大的外星无人探测器向地球航来，它不断地发出奇特的电波信号：功率强大的信号煮沸了海水，干扰了附近的星舰并造成了广泛的破坏。此时，詹姆斯·柯克中将与他的船员们在完成了让斯波克上校复活的任务后，驾驶着从克林贡人那抢来的猛禽舰（被改名为“赏金号”）从瓦肯星返航，尽管他们已经知道了将面临军事法庭的指控：

邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球，他本人是一位智勇双全的领袖，但此刻已变成一个邪恶的狂人，他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰，后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……

寇克船长奉命最后一次指挥企业号宇宙飞船对抗外星人对地球的大规模攻击，他召集旧部和新队员执行任务，双方展开了一场殊死战斗第一部的前半部几乎全是讲科克船长召集旧部来执行任务，开场就是久违的企业号穿越太空，科克船长成功的掌握舰队，并伙同战友们拯救银河系于存亡之际.