美丽可爱的月野兔（三石琴乃 配音）是一名正救读初中的女孩，她学业平平，任性娇弱，俨然是生活在大都会普普通通的女孩子们中的平凡一员。可是，在遇到了那只会说话的小猫露娜之后，月野的人生发生天翻地覆的变化。她不仅可以变身成为拥有神奇能力的水手月亮，还渐渐知晓了自己前世今生的秘密。为了保卫地球，挫败黑暗帝国

故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。