孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。 　　女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。 　　清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。 　　葵和清贵一起，开始受理与客人所带来的古董有关的各种各样的委托。

圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，无数群众声讨抗议。而就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威群众展开无差别屠杀。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火种”若隐若现。在与不明敌人对决过程中，草薙素子（坂本真绫 配音）和独立机动部队的同伴们救下了全身义体的少女津田艾玛（茅野

草薙(坂本真绫配音)正在公安第九初级学校享受短暂的假期，突然收到巴特(宋一郎配音)发来的报告，说西部一栋大楼遭到，和商业大亨被杀。在草薙的指挥下，9班的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力合作，彻服了恐怖分子，但草薙在行动中意外感染了一种神秘病毒。西部的同时，远郊大坝发生爆炸。新宾县的托古萨(新垣樽助配音

故事发生在琦玉老师 他的头发没有脱落。这一天，穿着一身蓝色运动服的他在追偷东西的箭毒蛙怪人，却不小心把裤子抓破了。万般无奈之下，打败了箭毒蛙后，他用自己的破衣服求助于认识的和服店老板。老板看他一遍又一遍的穿同样的运动装，就很热情的给他推荐了一套很有视觉冲击力的和服正装。琦玉绞尽脑汁，终于摆脱了。与此