1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心。世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上……

银河（Ginga）是一个单纯的，但精力充沛的乡村女孩，和父亲一起住在远离帝国首都的地方。当她得知她有机会成为年轻新皇帝的一个妾，并有可能成为他的正妻能管理皇帝其他所有的妻子时，银河就下了决心，说服她的父亲让她去。到那.之后，她见到了所有可能成为正妻的女孩，知道了她们每个人有不同的原因所以才来的。 所