在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

穆德（David Duchovny 大卫?杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲?安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰?多格特

谁也不曾想过，七十年前那期神秘的罗斯威尔事件，时至今日仍对全体人类产生着如此巨大的影响。并且鲜少有人窥见真相的全貌，即使它就在那里。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）以及他最为信赖的搭档——正在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森

外星人是电影《FTF》中的变种，它从一家基因技术研究公司员工的肚子里逃出来。穆德和史高丽找到吉布森，他带穆德去见外星人。史高丽证明吉布森可能是外星人(所有人类都可能是)。斯彭德和福利现在负责X档案。吉布森终于又消失了。

穆德(大卫·杜楚尼饰)被外星叛军绑架，史高丽(吉莲·安德森饰)也发现自己怀孕了。穆德 美国的办公室被搜查，史高丽要求斯金纳(米彻·佩勒吉饰)帮助他找到一个搭档，孤独的持枪者也卷入其中。联邦调查局的主管派特工约翰·道吉特(罗伯特·帕特里克)去协助调查，但是他们的第一次会面不欢而散。调查局发现穆德 s公