故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四

在不久的将来，获得性细胞硬化综合征(ACIS)，被称为 "美杜莎 "被世界，正在全世界泛滥。经过30~60年的潜伏期，感染者会在短短12天内病死。死时全身石化，惨不忍睹。因为没有特效药和对抗方法，人类世界陷入恐慌。这个时候，金星门这种科研开发公司声称可以通过冷冻睡眠来为人类挽救生命的希望，但是全球只