小智(松本梨花配音)和皮卡丘(谷垣祯一配音)，和他的同伴继续冒险之旅。在路上，这群人遇到了Maiyali(由中川寿子配音)，一个带着神奇宝贝胡巴的年轻女孩(由钉宫理惠配音)。胡巴可以创造一个神奇的时空圈，带领人们在不同的地方来回穿梭。位于沙漠腹地的德赛卢西坦已经到了。曾经，这里发生了一场巨大的神奇宝