故事发生在公元930年，正值中国历史上的五代十国时期，在长江流域的太乙山里有一座始建于武则天时代的太乙书院，是当世最知名的两座书院之一，被读书人视为求学圣地。 “则天宝藏”在太乙山中的传言，使得各地当权者与野心家都盯上了太乙书院。在各方瞩目中，太乙书院迎了新学年，一批新生入学，其中隐姓埋名的孔府嫡裔

黄飞鸿是岭南武术界的一代宗师，也是一位济世为怀、救死扶伤的名医，他的一生充满了传奇。早年他在台湾浴血奋战，与刘永福领导的黑旗军和台湾当地的赛德克族勇士共同抗击侵略的日军，成为了保家卫国的盖世英雄。回到广州，开设“宝芝林”，却走上一条行医不授武的修心之路。然而，永无止息的江湖争斗还是将他逼到了不得不出