从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……　　雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的

阿里翁(由中原茂配音)原本是普罗米修斯和潘多拉的孩子，但是潘多拉在生下阿里翁之前就死了。普罗米修斯尽力给阿里翁一个来到这个世界的机会。后来，普罗米修斯因为偷了圣火被宙斯惩罚，阿里翁被得墨忒耳收养。但很快，得墨忒耳也遭遇了悲惨的命运。哈迪斯趁机绑架了阿里翁，并让他相信自己是海王波塞冬的儿子。为了找到他

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...